母乳寡糖HMO的功能很多，在寶寶發育時是必不可少的，以下簡單列舉，充當益生元並刺激有益微生物的定植、針對病原體的直接防禦機制並保護嬰兒免受感染、充當信號分子並相互作用直接與宿主細胞結合、作為抗發炎和免疫調節劑、作為嬰兒神經發育的營養物質。

HMO作為益生元的作用

HMO內的複雜寡糖混合物，將共生的粘液適應物種，和HMO適應的雙歧桿菌吸引到嬰兒腸道。幾項體外研究報告稱，雙歧桿菌可以在HMO上生長，這種類型的共生餵養，是影響嬰兒腸道微生物群組成，和免疫力發展的關鍵因素之一 。大多數HMO不會被腸道吸收，某些細菌將它們發酵成短鏈脂肪酸，從而形成酸性環境。腸道中的低pH環境，有利於其他有益雙歧桿菌菌株的生長。HMO透過促進細菌的生長，來阻止潛在有害細菌的生長雙歧桿菌屬。與配方奶餵養的嬰兒相比，母乳餵養的嬰兒體內的有益雙歧桿菌含量更高。

HMO對成長的幫助

一項針對健康足月嬰兒的隨機對照研究報告稱，補充 2'-FL 的配方奶粉耐受性良好，2'-FL 吸收曲線與母乳餵養嬰兒相似。從出生到 4 個月大，餵食母乳或 64.3 kcal/dL配方奶粉的嬰兒在體重、身長和頭圍方面沒有顯著差異。另一項針對健康嬰兒的隨機對照試驗表明，含有 2'FL 和 LNnT 的配方奶粉是安全的、耐受性良好並支持適齡生長。一項針對健康母親和嬰兒的隊列研究報告稱，高和低 2'FL 簇之間 HMO 的相對顯著差異，不會影響任何性別的嬰兒在4個月大時的生長。一項針對甘比亞母親和嬰兒的研究表明，HMO（3'-唾液乳糖）是嬰兒年齡別體重的良好指標。